تختص إدارة المـحـمـيـات الطـبيـعـيـة بمـا يـلـي:
١- وضـع الخطط الخـاصـة بـإدارة وحـمـايـة المحـميـات الطبيعيـة البـريـة والبحرية، وتطويرها، بالتنسيق مع الجهات المختصة.
٢- إجراء الدراسات وتقييم المقترحات بشأن مواقع المحميات القائمة ومدى الحاجة لتوسعتها أو إنشاء محميات طبيعية جديدة في الدولة، بالتنسيق مع الجهات المختصة.
۳- اقـتـراح الأدوات التشـريـعـيـة المتعلقة بالمحميات الطبيعيـة، ومتابعـة تنفيذها بعد إصدارها.
٤- الإشراف على تسهيل عمليات تأهيل وإكثار الحياة الفطرية في المحميات الطبيعية، بالتنسيق مع الجهات المختصة.
٥- إنشاء قاعدة بيانات ومعلومات للمحميات الطبيعية بما في ذلك أنواع وأعداد وأصناف الكائنات الفطرية بها.
٦- إصدار الموافقات وتصاريح دخول وزيارة المحميات الطبيعية البرية والبحرية.
٧- الإشراف العام على برامج حفظ وتنمية التنوع الأحيائي والحياة الفطرية في المحميات الطبيعية، بالتنسيق مع الجهات المختصة.
٨- مكافحة التعديات والمخالفات الواقعة على الحياة الفطرية والمناطق الطبيعية بالمحميات الطبيعية، بالتعاون والتنسيـق مــع الجهات المختصة.
٩- توفير الرعاية الصحية والغذائية والتحصينات للحيوانات والكائنات الفطرية داخل المحميات الطبيعية، بالتنسيق مع الوحدات الإدارية المختصة.
١٠- مراقبة وحماية المحميات البرية والبحرية (الجزر) والإشراف عليها، وضبط المخالفات البيئية التي تقع في نطاقها.
١١- المحافظة على الموارد الحية والنظم الايكولوجية بالمحميات، وإعداد الخطط والبرامج لحمايتها، بالتنسيق مع الإدارات المختصة.