تختص إدارة المحميات الطبيعية بما يلي :
- وضع الخطط الخاصة بإدارة المحميات الطبيعية وتطويرها بالتنسيق مع الجهات المختصة.
- اقتراح الأدوات التشريعية المتعلقة بالمحميات الطبيعية ، ومتابعة تنفيذها بعد إصدارها.
- إجراء الدراسات وتقييم المقترحات بشأن مواقع المحميات الجديدة وتوسعة مواقع المحميات الطبيعية القائمة.
- الإشراف على إدارة عمليات تأهيل وإكثار الحياة الفطرية في المحميات الطبيعية بالتنسيق مع الجهات المختصة.
- إنشاء قاعدة بيانات ومعلومات للمحميات الطبيعية بما في ذلك أنواع وأعداد الكائنات الفطرية.
- إصدار تصاريح دخول وزيارة المحميات الطبيعية.
- إعداد وتنفيذ برامج حفظ وتنمية التنوع الإحيائي والحياة الفطرية في المحميات الطبيعية.
- مكافحة التعديات والمخالفات الواقعة على الحياة الفطرية والمناطق الطبيعية بالمحميات الطبيعية، بالتعاون والتنسيق مع الجهات المختصة.
- توفير الرعاية الصحية والغذائية والتحصينات للحيوانات والكائنات الفطرية داخل المحميات الطبيعية، بالتعاون والتنسيق مع الجهات المختصة.
- مراقبة وحماية المحميات البرية والبحرية (الجزر) ، والإشراف عليها وضبط المخالفات البيئية التي تقع في نطاقها.
- اقتراح برامج إعادة زراعة الروض والمراعي والمناطق الطبيعية بالنباتات البرية وتأهيلها والمحافظة عليها من التصحر بالتنسيق مع الوحدات الإدارية المعنية.
- المحافظة على الموارد الحية والنظم الايكولوجية بالمحميات وإعداد الخطط والبرامج لحمايتها، بالتنسيق مع الإدارات المعنية.