تختص إدارة المـحـمـيـات الطـبيـعـيـة بمـا يـلـي:
1- وضـع الخطط الخـاصـة بـإدارة وحـمـايـة المحـميـات الطبيعيـة البـريـة والبحرية، وتطويرها، بالتنسيق مع الجهات المختصة.
2- إجراء الدراسات وتقييم المقترحات بشأن مواقع المحميات القائمة ومدى الحاجة لتوسعتها أو إنشاء محميات طبيعية جديدة في الدولة، بالتنسيق مع الجهات المختصة.
3- اقـتـراح الأدوات التشـريـعـيـة المتعلقة بالمحميات الطبيعيـة، ومتابعـة تنفيذها بعد إصدارها.
4- الإشراف على تسهيل عمليات تأهيل وإكثار الحياة الفطرية في المحميات الطبيعية، بالتنسيق مع الجهات المختصة.
5- إنشاء قاعدة بيانات ومعلومات للمحميات الطبيعية بما في ذلك أنواع وأعداد وأصناف الكائنات الفطرية بها.
6- إصدار الموافقات وتصاريح دخول وزيارة المحميات الطبيعية البرية والبحرية.
7- الإشراف العام على برامج حفظ وتنمية التنوع الأحيائي والحياة الفطرية في المحميات الطبيعية، بالتنسيق مع الجهات المختصة.
8- مكافحة التعديات والمخالفات الواقعة على الحياة الفطرية والمناطق الطبيعية بالمحميات الطبيعية، بالتعاون والتنسيـق مــع الجهات المختصة.
9- توفير الرعاية الصحية والغذائية والتحصينات للحيوانات والكائنات الفطرية داخل المحميات الطبيعية، بالتنسيق مع الوحدات الإدارية المختصة.
10- مراقبة وحماية المحميات البرية والبحرية (الجزر) والإشراف عليها، وضبط المخالفات البيئية التي تقع في نطاقها.
11- المحافظة على الموارد الحية والنظم الايكولوجية بالمحميات، وإعداد الخطط والبرامج لحمايتها، بالتنسيق مع الإدارات المختصة.
12- اقتراح برامج إعادة تشجير الحدائق والمراعي والمناطق الطبيعية بالنباتات البرية وتأهيلها والحفاظ عليها من التصحر، بالتنسيق مع الوحدات الإدارية المعنية.