تختص إدارة الحماية البحرية بما يلي:
١- إعداد اللوائح والتعليمات والإرشادات الفنية الخاصة بتحديد أنواع المخالفات والتجاوزات والتعديات على البيئة البحرية والأحياء المائية والشعب المرجانية، ووضع الآلية المناسبة لطريقة التعامل والتصدي لها وفقاً للقوانين والقرارات البيئية.
۲- مراقبة الممارسات والأعمال الناتجة عن رمي المخلفات في البحر، وأنشطة ووسائل الصيد البحري السلبية وغير المشروعة، وحماية الشعب المرجانية والمصائد السمكية خلال فترة مـوســم التكاثر، وغيرها من تجاوزات بيئية ضارة تقع في المواقع البحرية، وتأثيرها على الحياة البحرية، وضبط المخالفات وفقاً للقوانين والقرارات البيئية.
٣- مراقبة المواقع البحرية وحماية الحياة البحرية الفطرية في الدولة، ووضع الخطط الخاصة بحمايتها، وتنفيذها، بالتنسيق والتعـاون مع الجهات المختصة.
٤- ضبط المخالفات البيئية البحرية في المواقع البحرية في الدولة، وإحالتها إلى الجهات المختصة، والعمل على إزالة أسباب هذه المخالفات، بالتنسيق مع الجهات المختصة، ورفع تقارير بشأنـها.
٥- تنفيذ أحكام القوانين الوطنية والاتفاقيات الدولية بشأن حماية البيئة البحرية والساحلية، وإعداد خطط وبرامج المراقبة والتفتيش الدوري الخاصة بحماية البيئة البحرية والساحلية، ومتابعة تنفيذها.
٦- متابعة كافة مصادر وحجم الأضرار والتعديات على البيئة البحرية والساحلية، ووضع الخطط الضرورية لتغطية كافة المواقع البحرية في الدولة، والتحكم في مصادر التعديات، والعمل على الحد منها، وضبط المخالف منها، ورفع تقارير دورية بشأنها، بالتنسيق مع في الجهات المختصة.
٧- مراقبة ورصد الوضع البيئي للبيئة البحرية والساحلية، والتغيرات التي تطرأ عليها، وإعداد التقارير الدورية بشأنها.
٨- اقتراح برامج تدريب وتأهيل مراقبي البيئة البحرية، ورفع مستوى الكفاءة الفنية لديهم.